Desde la creación del Sistema de Acreditación de la Federación de Instituciones Mexicanas Particulares de Educación Superior (FIMPES), CETYS Universidad ha venido participando tanto en su diseño como en ser una institución acreditada.

El Sistema de Acreditación FIMPES, aplica a las universidades particulares del País

CETYS inició en 1995 el camino a la acreditación, de tal forma que hoy día ha pasado por dos etapas de acreditación, 1999-2006 y 2006-20013. En ambas etapas se obtuvo una acreditación lisa y llana, que se refiere a acreditación con alto cumplimiento de criterios.

Somos la primera institución particular en Baja California en ser acreditada en este sistema.

Tercera Etapa de Re Acreditación (2013-2020). Dos años antes de que se termine su estatus de acreditada en el 2013, se inicia el proceso de re acreditación con la elaboración de un Reporte de Autoestudio FIMPES donde participan diferentes grupos de la comunidad, evaluándose a sí mismo.